一支探險隊來到亞拉臘山，尋找《聖經》中挪亞方舟的蹤跡，卻神秘失蹤。
與此同時，印度洋海域發生了罕見的大海嘯，一把神秘女孩的聲音不停地催促楊歌：請盡快去亞拉臘山。
受神秘聲音的指引，「校園三劍客」遠卦亞拉臘山，和搜救隊一起，進山尋找失蹤的探險隊員。
一路上，他們接連遇到偷襲、山崩和閃電。
在神秘的女孩的幫助下，「校園三劍客」終於找到了方舟，但卻發現，方舟被一夥號稱「地球淨化軍」的武裝分子控制！
更令人驚恐的是，原來印度洋發生的特大海嘯由他們操縱方舟所引起！
神秘女孩到底是誰？為什麼要召喚「校園三劍客」來亞拉臘山？這裏會有什麼陰謀？
「校園三劍客」為什麼一次又一次遭遇危險？
他們又能否順利地化險為夷、拯救人類？